طرح مسکن ملی نیز به مانند مسکن مهر از جمله طرح‌های دولتی در بازار مسکن بوده که چالش‌های خاصی را به همراه داشته است. در طرح مسکن ملی از نبود زمین برای ساخت تا حذف برخی از متقاضیان به دلیل داشتن ملک و انصراف تعدادی از آنها در چند وقت اخیر مطرح بوده است.